Kościół pochodzi z XIV wieku. Dokumenty lokacyjne Ostródy już w 1335 roku wymieniają murowany kościół w Ostródzie.

Do średniowiecznego kościoła przylegał cmentarz miejski. Możniejszych mieszkańców grzebano w kryptach kościelnych. W 1639 roku spoczęło tu ciało księżnej Jadwigi, żony Jana Chrystiana z Brzegu, który w roku 1639 był starostą Ostródy. W latach 1834-1848 pastorem polskiej gminy ewangelickiej przy ostródzkim kościele był Gustaw Gizewiusz. W 1788 roku kościół spłonął w czasie wielkiego pożaru miasta. Drugi raz średniowieczny kościół spłonął podpalony przez żołnierzy Armii Czerwonej w 1945. Kościół znajdował się w ruinie do 1980 roku. Odbudowę zabytku rozpoczęto w 1981 roku i dziś jest siedzibą parafii pod wezwaniem św. Dominika Savio. Z dawnego wyposażenia kościoła nie zachowało się nic poza kamiennymi chrzcielnicami pochodzącymi z XIV wieku. Na uwagę zasługuje architektura bryły kościoła, w tym szczególnie gotycki portal drzwi wejściowych.